Durante los primeros años del dominio español, formó parte de la encomienda de Terecuato-Tepehuacán, concedida a Don Antonio Caicedo y en el último cuarto del siglo XVI el virrey autorizó que familias españolas se asentaran en el valle, formándose una congregación dentro del corregimiento de Tingüindín.
Entre las estancias fundadas por los españoles, sobresalió entre 1575 y 1576 en " el sitio que los antiguos llamaban COTIXA", sin cédula Real ni decreto Virreinal y sin titulo de "muy noble y leal ciudad o villa", sentó "sus casas de morada", cerca del cristalino riachuelo que después llamaron "El Rio Claro", don Melchor Manzo con él llegaron también su esposa doña Juana Pérez, sus hijos Melchor y Leonor y algunos empleados "de servicio", entre ellos Juan Alonso, nacido en Tacatzcuaro.
De 1581 a 1595, se establecieron alrededor de esta estancia otros colonos españoles, en numero de once, algunos de ellos no venían casados, pero con excepción de dos o tres edificaron sus casas y con ahínco se dedicaron principalmente a la ganadería.
Atraídos por el buen clima, la belleza de la zona y las ventajas que se les daban, años después se avecinaron otras familias de piel blanca, así fueron fraccionándose las mercedes de estancias para ganado mayor y menor y creciendo el numero de sus habitantes, sin embargo la mas antigua, esto e la que fuera de don Melchor Manzo de Corona, El Viejo, ya bautizada con el nombre de El Rincón de Cotija, era considerada como la cabecera o centro de las demás, donde se construyó una sencilla capilla en honor a Nuestra Señora del Pópolo y se volvieron costumbre los domingos de tianguis, lo que vino a reforzar la posición del Rincón, pues en 1740 se contaba con una vicaria fija, atendida por un sacerdote de planta, la cual dependía de la parroquia de Tingüindín.
En 1759, fue elevado a la categoría de congregación, llamándosele Congregación de Cotija.
Después de consumada la independencia, pasadas las sorpresas de recibir tanto a insurgentes como a realistas, encontramos que en 1828, contaba con un juzgado de primera instancia.
Cotija se constituyó en Municipio por la Ley Territorial del 10 de diciembre de 1831, perteneciendo al partido de Jiquilpan.
Más tarde, el desarrollo de su actividad comercial fue suficiente para que el 30 de julio de 1878, el distrito rentístico de Jiquilpan, se trasladara a ese lugar, denominándosele distrito de Cotija.
Como cabecera de Distrito, solamente duró cuatro meses y medio. Por este tiempo, apareció el primer periódico cotijense, El Pacífico, bajo la dirección de su fundador Fermín Mendoza Valencia.
El 23 de abril de 1896, el Gobernador del Estado, Aristeo Mercado, decretó que a partir del 5 de mayo de ese año, se le otorgara el título de la Ciudad, con el nombre de Cotija de la Paz.